Beim Zazen spielt die Atmung eine wesentliche Rolle. Die Ausatmung ist ruhig, nicht wahrnehmbar und gibt einen langsamen, kräftigen und natürlichen Rhythmus vor. Die Einatmung kommt von selbst. Sie ist kürzer als die Ausatmung. Während Zazen verlangsamt sich der Atemrhythmus wie auch der Herzrhythmus; das Blut und die inneren Organe werden besser mit Sauerstoff versorgt. Die Ausatmung, die Druck nach unten gibt, auf den ganzen Unterbauch, entwickelt große Energie in Höhe derTaille, der Nierengegend und der Hüften. Der Übende kann diese Atmung im Alltag beibehalten, denn der Körper nimmt sie letztlich an. Die Meister vergleichen die Atmung beim Zazen oft mit dem Muhen einer Kuh oder der Atmung eines Babys, das schreit, wenn es zur Welt kommt. Die kurze Einatmung und die langsame und kraftvolle Ausatmung sind Zeichen und Ursache von Stärke und Vitalität. Im Gegensatz dazu deutet eine ober-flächliche und kurze Ausatmung auf Schwäche und depressive Zustände hin. Wenn die Atmung gut ist, werden alle Dinge des Lebens leicht. Wenn Körper und Geist verbunden sind, fegt eine tiefe, langsame. ruhige, kraftvolle Atmung alle Kompliziertheit des Mentalen weg. Der Geist wird klar wie ein wolkenloser Himmel.
